常人離れした身体能力を持つ高校生・虎杖悠仁は両親の顔を知らず、祖父に育てられた。祖父が逝去した夜、虎杖の学校に眠る「呪物」の封印が解かれ、人を襲う化物・呪霊が現れてしまう。虎杖は「呪物」回収のために現れた呪術師の伏黒恵と共に取り残された先輩を救うため校舎へ乗り込む。しかしそこで窮地に追い込まれてしまい、虎杖は力を得るため自ら呪物「宿儺の指」を食べ、特級呪物・両面宿儺が復活する。
その後、虎杖は「宿儺の器」として呪術師に捕らえられ死刑を宣告される。しかし五条の提案により「すべての宿儺の指を食してから死ぬ。」という猶予が与えられる。
かくして虎杖は都立呪術高専に入学し、呪術師としての人生をスタートさせる。
